La Cattedrale di Macilli, molto probabilmente tardobizantina, aveva lo stesso orientamento di quella attuale ed era a tre navate. La facciata ospitava un poggiolo - o meglio un loggiato - dove nel XIV secolo si riuniva la fraglia dei muratori e tutta la costruzione era ... arcubus multis circumvoluta ... cioè tutta circondata da portici e logge con lo scopo dichiarato di consentire a tutta la cittadinanza di raccogliersi all'interno dell'edificio e, all'esterno, nelle piazze dove normalmente si tenevano il mercato dei maiali e quello del vino. Lungo uno dei fianchi c'era il Battistero e dietro un campanile ricostruito nel 1227 (La ricostruzione grafica risale al 1821 ed è opera di A. Malvolti). La Canonica si trovava lungo il lato settentrionale, separata dalla costruzione principale dal Chiostro dei Canonici e dal relativo cimitero mentre sul lato meridionale non esisteva ancora il Vescovado eretto da Pagano della Torre solo nel 1309. Il Vescovado più antico, con il relativo castello, si trovava nell'attuale via Bonporti (il vecchio burgus Teutonicus ) per cui doveva essere possibile all'epoca passeggiare senza difficoltà intorno all'edificio sacro. Un secondo Vescovado sorgeva nel XII o XIII secolo tra il primo e l'attuale.

Entrati nella chiesa ci si poteva dirigere subito verso l'imponente altare maggiore passando attraverso il coro e davanti alla cattedra vescovile. Vicino all'altare maggiore si trovava la cappella di San Daniele e lungo le navate esistevano nel XIII secolo altri cinque altari intitolati rispettivamente alla Santa Croce, San Giovanni Evangelista, San Michele, San Nicolò, San Paolo.