L'imponente basilica di santa Giustina ricorda ancor oggi il martirio di questa giovinetta sedicenne condannata a morte nel 304 e sepolta nel cimitero presso l'antico teatro Zairo di epoca romana. Agli inizi del V secolo - se non già alla metà del IV - veniva costruita sul suo sepolcro una prima basilica destinata a essere presto sostituita da una seconda ricostrutia dalle fondamenta per volontà del patrizio e Prefetto del Pretorio Opilione agli inizi del 450 o verso il 520. Opilione la dotava di un ricco apparato decorativo di marmi e mosaici, di un sacello e, forse, del proprio mausoleo. Di tutta questa magnificenza restano le parole della Leggenda di San Daniele, nella sua redazione più antica scritta tra la fine dell'XI e gli inizi del XII secolo, con cui veniva descritto il sacello, il sacello stesso recentemente restaurato dove è ancora sepolto il Vescovo Prosdocimo e poco altro. Essa recita :

... Le pareti da terra e tutt'intorno sono rivestite con specchiature di marmo variato, mentre la parte superiore, coperta da cupola, in lungo e in largo rispelnde per i suoi fondi d'oro e per le figurazioni musive che rappresentano il palazzo celeste e i verdi prati del Paradiso ...

Santa Giustina, costruita al di fuori del recinto della città romana, era la sola basilica cimiteriale esistente a Patavium e non seguiva la distruzione della città voluta dai Longobardi nel 602. Le sue dotazioni, anzi, attraverso le donazioni dei re Liutprando e, soprattutto, Ildebrendo di grandi beni fondiari aumentavano e vi veniva favorito il sorgere, verso il 734, di un vero e proprio monastero obbediente alla regola di San Benedetto.

Negli stessi anni altre reliquie arricchivano la basilica prima fra tutte quella dell'Evangelista Luca e l'icona detta della Madonna Costantinopolitana arrivate, si ritiene, nella prima metà dell'VIII secolo. Sopravvissuti sostanzialmente indenni alla saccheggio degli Ungari alla fine del IX secolo, la basilica e il monastro subivano un grave e inspiegabile declino fino al "ristabilimento" del 971 voluto dal Vescovo Gauslino e consolidato da nuove, numerose e cospicue dotazioni di terre, di chiese e cappelle proseguite sotto i suoi successori e a cui si univano lasciti e donazioni di privati e feudatari.

In tal modo la basilica e il convento arrivavano, sostanzialmente intatti, fino agli inizi del XII secolo.