La seconda metà del VIII secolo vedeva il tramonto della monarchia longobarda, l'affermarsi di quella franca e del potere temporale dei Papi. Il controllo del territorio era affidato al Conte a cui si affiancava un vicario chiamato Visconte, in grado di farne le veci all'occorrenza, e altri funzionari minori. Le contee principali erano quelle di Lucca, Firenze, Pistoia e Pisa: Padova non era tra queste, ma i documenti riportano i nomi di alcuni dei suoi antichi Conti di nomina imperiale. Al tempo di Ottone, duca di Franconia [995÷1004], è ricordato un Ugone Conte di Padova e di Vicenza forse identificabile con il figlio del Doge di Venezia Pietro III Candiano. Alla morte di Ugone venivano rivestiti della dignità comitale i suoi due figli Uberto - per Vicenza - e - per Padova - Manfredo. Nel 1013 è ricordato un Tondello, nel 1077÷1080 un Alberto, un secondo Ugo nel 1116÷1125 e suo figlio Jacopo nel 1142 indicando spesso, e per quanto possibile, l'ereditarietà del titolo.
Tuttavia il vero potere era detenuto dai Vescovi specie dopo il conferimento del dominio sulla città di Padova e sul suo territorio al Vescovo Milone da parte dell'imperatore Enrico IV [1056÷1106]. Questa autorità veniva confermata più o meno direttamente, o semplicemente tollerata, dai successori Enrico V [1106÷1125], Lotario II [1125÷1137], Corrado III [1138÷1152] fino all'avventura intrapresa da Federico II Barbarossa [1152 ÷1190] per ristabilire pienamente il potere imperiale. Si apriva così una pagina gloriosa per le città dell'Italia Settentrionale : i Vicari imperiali imposti alle città della Marca venivano scacciati nel 1164 e la lega sorta successivamente riusciva ad ottenere con la Pace di Costanza del 1183 piena sovranità scalzando pure il potere vescovile. In realtà con la distruzione della Patavium romana ad opera dei Longobardi nel 601, l'amministrazione territoriale del comitato a cui apparteneva quanto sopravvissuto era stata trasferita a Monselice, la diocesi era stata smembrata e per avere l'effettiva rinascita di un centro urbano decaduto a livelli di pura sopravvivenza bisogna risalire fino al IX secolo. È infatti al tempo del Vescovo Bilongo che Padova riacquistava ufficialmente il rango di città comparendo tra i vicini di Venezia. Il territorio risultava molto diverso da quello fittamente antropizzato attuale: la mancanza di manutenzione delle strade e delle grandi opere idrauliche realizzate dai Romani avevano fatto ritornare boschi e foreste in molte zone, mentre altre si erano impaludate. Sarebbero stati necessari secoli di duro lavoro da parte degli agricoltori per riportare le campagne alla passata ricchezza.
L'elenco dei vescovi fino alla nascita del Libero Comune è il seguente:
871÷886 - Bilongo. Un diploma dell'imperatore Carlo III menzionava per la prima volta Padova tra i vicini di Venezia. Nell'874 veniva fondato l'ospedale di Santa Giustina
886÷894 - Liotaldo
867÷899? - Pietro II. La città veniva danneggiata dalle incursioni degli Ungari. Veniva distrutta la Cattedrale e incendiata la Biblioteca Capitolare
?- Pietro III. Era nipote di Pietro II
912÷924 - Sibicone. Due diplomi dell'imperatore Berengario I - emanati rispettivamente nel 912 e nel 915 - concedevano al Vescovo alcune vie pubbliche autorizzandolo a costruire castelli dove risultasse necessario. Gli veniva pure concessa piena giurisdizione sugli Arimanni e sugli altri uomini liberi. Nel 917 gli veniva donata la Val di Solagna e il Vescovo di Padova diventava così l'autorità più avanzata di difesa degli accessi della Valsugana. Col diploma di Pavia emesso nel 918 si confermavano all'episcopato patavino le decime sulle terre di Albignasego, Altichiero, Limena, Maserà., Noventa, Rocajette, Torre, Vigodarzere ecc. con la possibilità di imporre dazi sulle merci e pedaggi sui ponti e le persone
? - Ardemanno
942÷964 - Ildeverto. Nel 950 venivano ricordati due castelli nei pressi della contrada detta di Concariola
964÷978 - Guaslino. Un diploma imperiale del 964 confermava al Vescovo i privilegi acquisiti, mentre nel 969 veniva ricordato per la prima volta il Comitatus di Padova. Nel 970 Guaslino provvedeva a restaurare la basilica e il monastero di Santa Giustina
992÷1027- Orso. Nel 998 un diploma imperiale confermava al vescovo i privilegi acquisiti. Nel 1026 veniva restaurato il Pons Vicentinus cioè l'attuale Pontemolino e fondati i monasteri cittadini di San Pietro in Palazzo e di Santo Stefano. Nel 1031 è ricordato il castro Domo cioè il castello del Duomo
1031 - Aistolfo. Veniva ricordato per la prima volta il Castello del Duomo
1046÷1048 - Burcardo
1048÷1059- Il Beato Bernardo. Nel 1049 otteneva dall'imperatore Enrico III il privilegio di coniare moneta. Nel 1052 passava per Padova Papa Leone IX venendo accolto dal Vescovo e celebrando la Messa in Santa Giustina. Il Papa concedeva perciò particolari privilegi all'abate e al monastero. Nel 1053 veniva riaperto al traffico il ponte di San Lorenzo e nel 1058 era la volta di quello Altinate
1060÷1064 - Waltolff. Forse di nazionalità germanica. Nel 1062 veniva citata per la prima volta la Torlonga
1064÷1080- Olderico. Forse di nazionalità germanica. Nel 1076 in una donazione vescovile era direttamente confermata l'esistenza di uno spalto difensivo nei pressi delle Torricelle. Nel 1077 i legati imperiali confermavano la giurisdizione del monastero di Santa Giustina sulla Valle del Mercato - il futuro Prato della Valle - e sulle aree adiacenti comprese le rovine dell'antico tatro romano chiamato Zairo, forse in rappresentanza della città sono ricordati i boni viri
1084÷1095 - Milone. Di origini padovane. Con un apposito editto nel mese di giugno del 1090 l'imperatore Enrico IV dava piena podestà al Vescovo di Padova su quanto esisteva in città e nel distretto di beni demaniali cancellando il comitato
1096÷1106- Pietro. Di origini padovane. Lo scisma vescovile lasciava tra il 1097 e il 1110 ampio spazio all'assemblea cittadina dei Boni Viri in grado di stringere patti di alleanza con i Vicentini e i Trevigiani e di muovere guerra a Venezia. Nel 1102 il Pons Vicentinus diventava definitivamente Pontemolino. Dal 1105 diventava relativamente frequente la presenza dei boni viri i quali, almeno secondo una interpretazione, erano i diretti precursori dei consoli. Nel 1106 il Vescovo Pietro, deposto, si rifugiava a Piove di Sacco dove portava a compimento la chiesa di San Martino nel 1110 e nello stesso anno ritorna a Padova costringendo il Vescovo Sinibaldo a rifugiarsi a sua volta a Este
1106÷1125 - Sinibaldo. Nel 1107 veniva sottoscritto un patto contro l'intraprendenza commerciale padovana tra Verona e Venezia: l'alleanza cercava di consolidare il controllo veneziano sulla navigazione nel Veneto Centrale - Padova - e Orientale - Treviso - per questo Verona chiedeva, e otteneva, l'alleanza con Vicenza. Padova si alleava, invece, con Treviso, Feltre e ConeglianoNel 1110 Padova, con Treviso e Ravenna, attaccava invano il territorio veneziano e le ostilità venivano temporaneamente riusolte dalla pace del 1111. Nel 1117 le truppe imperiali intervenivano a Padova arrivando ad assediare la città e il convento di Santa Giustina. Nello stesso anno, quasi a divina punizione, si verificava un grande terremoto che comportava gravi danni alla chiesa di Santa Giustina e alla Cattedrale. Nel 1122 il Vescovo Sinibaldo, a seguito del concordato di Worms, ritornava in città. Nel 1124 si affidava l'opera di ricostruzione della Cattedrale all'architetto Macilli.
1128÷1147 - San Bellino. Moriva assassinato. Nel 1138 risulta già costituito il Collegio dei Consoli e, quindi, esisteva già il Comune di Padova: erano 17. Nel 1141 si ha notizia dalle cronache dell'esistenza di un muro di difesa nei pressi dell'oratorio di Santa Giuliana. Nel 1142 i consoli sono 8 e l'investitura avveniva presso la chiesetta di San Martino. Sempre nel 1142 il Comune decideva di deviare il corso del fiume Brenta verso la Laguna lungo un percorso in parte naturale e in parte artificiale che ricalcava grosso modo l'attuale naviglio del Brenta fino a Fusina. Veniva così collegato il porto di Noventa Padovana con la Laguna. La successiva pace del 1144 - erano presenti 12 cittadini padovani - sanciva la legittimità dell'azione del Comune. La pace di Fontaniva tra Padovani e Vicentini nel 1147 registrava la presenza di soli 7 consoli
1148÷1165 - Giovanni Cacio. Nel 1150 le cronache ricordano l'esistenza di un tratto di muro di difesa nei pressi della chiesa di San Matteo. Nel 1161 il Vescovo era costretto a rinunciare a favore dell'Imperatore al controllo della Contea di Piove di Sacco e della Rocca di Pendice e a cavallo tra il 1163 e il 1164 la città si ribellava all'autorità imperiale: la lotta tra l'Impero e il Papato veniva riassunta localmente nella vicenda leggendaria di Speronella
1165÷1213- Gerardo. Rinunciava alla nomina. Nel 1167 tra i firmatari del patto di Pontida figuravano anche i rappresentanti della città presente, d'altra parte, pure al convegno di Lodi dell'anno successivo. Nel 1174 un grande incendio scoppiava in città causando la distruzione di ben 2614 case ossia di tre quarti di quelle esistenti e sconvolgendone l'urbanistica. Nel 1180 veniva finalmente consacrata la rinnovata Cattedrale
Gli altri vescovi di Padova fino alla caduta della dinastia dei Da Carrara